Microbiological etiology and current resistance patterns in acute calculous cholecystitis.

INTRODUCTION: The current treatment for acute calculous cholecystitis (ACC) is early laparoscopic cholecystectomy, in association with appropriate empiric antibiotic therapy. In our country, the evolution of the prevalence of the germs involved and their resistance patterns have been scarcely described. The aim of the study was to analyze the bacterial etiology and the antibiotic resistance patterns in ACC. METHODS: We conducted a single-center, retrospective, observational study of consecutive patients diagnosed with ACC between 01/2012 and 09/2019. Patients with a concomitant diagnosis of pancreatitis, cholangitis, postoperative cholecystitis, histology of chronic cholecystitis or carcinoma were excluded. Demographic, clinical, therapeutic and microbiological variables were collected, including preoperative blood cultures, bile and peritoneal fluid cultures. RESULTS: A total of 1104 ACC were identified, and samples were taken from 830 patients: bile in 89%, peritoneal fluid and/or blood cultures in 25%. Half of the bile cultures and less than one-third of the blood and/or peritoneum samples were positive. Escherichia coli (36%), Enterococcus spp (25%), Klebsiella spp (21%), Streptococcus spp (17%), Enterobacter spp (14%) and Citrobacter spp (7%) were isolated. Anaerobes were identified in 7% of patients and Candida spp in 1%. Nearly 37% of patients received inadequate empirical antibiotic therapy. Resistance patterns were scrutinized for each bacterial species. The main causes of inappropriateness were extended-spectrum beta-lactamase-producing bacteria (34%) and Enterococcus spp (45%), especially in patients older than 80 years. CONCLUSIONS: Updated knowledge of microbiology and resistance patterns in our setting is essential to readjust empirical antibiotic therapy and ACC treatment protocols.

Caracterización de ß-lactamasas de espectro extendido en aislamientos clínicos colombianos de Salmonella enterica no tifoidea de 1997 a 2022 / Characterization of extended spectrum ß-lactamases in Colombian clinical isolates of non-typhoidal Salmonella enterica between 1997 and 2022

Introducción. Salmonella spp. es un agente patógeno zoonótico transmitido al humano por el agua o los alimentos contaminados. La presencia de ß-lactamasas de espectro extendido es un creciente problema para la salud pública debido a que estas enzimas confieren resistencia contra las cefalosporinas de tercera y cuarta generación. Objetivo. Caracterizar las ß-lactamasas de espectro extendido en aislamientos de Salmonella spp. recibidos por el programa de vigilancia de enfermedad diarreica aguda o enfermedad transmitida por alimentos del Grupo de Microbiología del Instituto Nacional de Salud. Materiales y métodos. Entre enero de 1997 y junio de 2022, se recibieron 444 aislamientos de Salmonella spp. resistentes, por lo menos, a una de las cefalosporinas de tercera generación. El fenotipo de las ß-lactamasas de espectro extendido se identificó con la prueba de doble disco. El ADN se extrajo por ebullición y mediante PCR se amplificaron los genes bla CTX-M, bla SHVy : ' a ILM. Resultados. Todos los aislamientos fueron positivos para la prueba de ß-lactamasas de espectro extendido. Los resultados de la amplificación por PCR fueron: bla CTX-M + bla TLM (n=200), bla CTX-M (n=177), bla SHV(n=16), bla SHV + bla CTX-M (n=6), bla TLM (n=13) y bla SHV + bla CTX-M + bla TLM (n=3). Del total, 26 aislamientos fueron negativos para los genes evaluados. Los aislamientos positivos para ß-lactamasas de espectro extendido se identificaron en Bogotá y en 21 departamentos: Chocó, Magdalena, Meta, Bolívar, Casanare, Cesar, Córdoba, Quindío, Atlántico, Tolima, Cauca, Cundinamarca, Huila, Boyacá, Caldas, Norte de Santander, Risaralda, Antioquia, Nariño, Santander y Valle del Cauca. Conclusión. La resistencia a las cefalosporinas de tercera generación en aislamientos de Salmonella spp. fue generada principalmente por bla CTX-M. El 44 % (197/444) de los aislamientos presentó resistencia a ampicilina, tetraciclina, cloranfenicol y trimetoprim- sulfametoxazol Los serotipos portadores de ß-lactamasas de espectro extendido más frecuentes fueron S. Typhimurium y S. Infantis.

Introduction. Salmonella spp. is a zoonotic pathogen transmitted to humans through contaminated water or food. The presence of extended-spectrum ß-lactamases is a growing public health problem because these enzymes are resistant to third and fourth generation cephalosporins. Objective. To characterize extended-spectrum ß-lactamases in Salmonella spp. isolates received by the acute diarrheal disease/foodborne disease surveillance program of the Grupo de Microbiología of the Instituto Nacional de Salud. Materials and methods. A total of 444 Salmonella spp. isolates, resistant to at least one of the cephalosporins, were obtained between January 1997 and June 2022. The extended- spectrum ß-lactamases phenotype was identified by the double disk test. DNA extraction was carried out by the boiling method, and the bla CTX-M, bla SHV, and bla TLM genes were amplified by PCR. Results. All the isolates were positive for the extended-spectrum ß-lactamases test. The genes identified were: bla CTX-M + ba TLM (n=200), bla CTX-M (n=177), bla SHV(n=16), bla SHV + bla CTX-M (n=6), bla TLM (n=13) and bla SHV + bla CTX-M + bla TLM (n=3). Twenty-six isolates were negative for the evaluated genes. Positive extended-spectrum ß-lactamases isolates were identified in Bogotá and 21 departments: Chocó, Magdalena, Meta, Bolívar, Casanare, Cesar, Córdoba, Quindío, Atlántico, Tolima, Cauca, Cundinamarca, Huila, Boyacá, Caldas, Norte de Santander, Risaralda, Antioquia, Nariño, Santander y Valle del Cauca. Conclusion. Resistance to third generation cephalosporins in Salmonella spp. isolates was mainly caused by bla CTX-M. Isolates were resistant to ampicillin, tetracycline, chloramphenicol, and trimethoprim-sulfamethoxazole (44 %; 197/444). The most frequent extended-spectrum ß-lactamases-expressing serotypes were Salmonella Typhimurium and Salmonella Infantis.

High-risk clones of ESBL-producing Klebsiella pneumoniae colonizing ICU patients in Natal, northeastern Brazil / Clones de alto risco de Klebsiella pneumoniae produtores de ESBL colonizando pacientes de UTI em Natal, Nordeste do Brasil / Clones de alto riesgo de Klebsiella pneumoniae productores de BLEE que colonizan pacientes de UCI en Natal, noreste de Brasil

Background and objectives: colonization by extended-spectrum ß-lactamase (ESBL)-producing Klebsiella pneumoniae in Intensive Care Unit (ICU) patients is considered a risk factor for infections, and poses as a source of spreading these strains in hospital facilities. This study aimed to perform the genetic characterization of ESBL-producing K. pneumoniae isolates recovered from surveillance swabs in an ICU in northeastern Brazil. Methods: the isolates were recovered between 2018-2019 from the nasal, axillary, and rectal sites of 24 patients admitted to the ICU. Bacterial identification was performed by traditional biochemical tests. Antimicrobial susceptibility was assessed by disk diffusion, and ESBL phenotype was detected by double-disc synergy test. Polymerase chain reaction (PCR) for blaCTX-M, blaSHV, and blaTEM genes, PFGE, and MLST were carried out in representative isolates. Results: a total of 27 isolates were recovered from 18 patients (75%). The ESBL production was detected in 85% of isolates. Resistance to ciprofloxacin, sulfamethoxazole/trimethoprim and most of the ß-lactams tested was recurrent, except for carbapenems. The blaSHV, blaTEM, and blaCTX-M genes were found in high frequency, and the CTX-M-(1, 2 and 9) groups were identified. Seven sequence types (ST11, ST14, ST17, ST395, ST709, ST855, and ST3827) were described, most of them considered high-risk. Conclusion: these findings emphasize the potential threat of well-established high-risk clones in an ICU, and highlight the importance of monitoring these clones to prevent infections.(AU)

Justificativa e objetivos: a colonização por Klebsiella pneumoniae produtora de ß-lactamase de espectro estendido (ESBL) em pacientes de Unidade de Terapia Intensiva (UTI) é considerada um fator de risco para infecções, e representa uma fonte de disseminação dessas cepas em instalações hospitalares. Este estudo objetivou realizar a caracterização genética de isolados de K. pneumoniae produtores de ESBL recuperados de swabs de vigilância em uma UTI no Nordeste do Brasil. Métodos: os isolados foram recuperados entre 2018-2019 dos sítios nasal, axilar e retal de 24 pacientes internados na UTI. A identificação bacteriana foi realizada por testes bioquímicos tradicionais. A suscetibilidade antimicrobiana foi avaliada por disco-difusão, e o fenótipo ESBL foi detectado pelo teste de sinergia de duplo-disco. Polymerase chain reaction (PCR) para os genes blaCTX-M, blaSHV e blaTEM, PFGE e MLST foram realizados em isolados representativos. Resultados: foram recuperados 27 isolados de 18 pacientes (75%). A produção de ESBL foi detectada em 85% dos isolados. A resistência à ciprofloxacina, sulfametoxazol/trimetoprima e à maioria dos ß-lactâmicos testados foi recorrente, exceto para os carbapenêmicos. Os genes blaSHV, blaTEM e blaCTX-M foram encontrados em alta frequência, e os grupos CTX-M-(1, 2 e 9) foram identificados. Sete sequence types (ST11, ST14, ST17, ST395, ST709, ST855 e ST3827) foram descritos, a maioria deles considerados de alto risco. Conclusão: esses achados enfatizam a ameaça potencial de clones de alto risco bem estabelecidos em uma UTI, e destacam a importância do monitoramento desses clones para prevenir infecções.(AU)

Justificación y objetivos: la colonización por Klebsiella pneumoniae productora de ß-lactamasas de espectro extendido (BLEE) en pacientes de Unidades de Cuidados Intensivos (UCI) se considera un factor de riesgo para infecciones, y se presenta como una fuente de propagación de estas cepas en instalaciones hospitalarias. Este estudio tuvo como objetivo realizar la caracterización genética de aislamientos de K. pneumoniae productores de BLEE recuperados de hisopos de vigilancia en una UCI en el noreste de Brasil. Métodos: los aislamientos se recuperaron entre 2018-2019 de sitios nasales, axilares y rectales de 24 pacientes ingresados en la UCI. La identificación bacteriana se realizó mediante pruebas bioquímicas tradicionales. La susceptibilidad antimicrobiana se evaluó mediante difusión en disco, y el fenotipo BLEE se detectó mediante la prueba de sinergia de doble-disco. La polymerase chain reaction (PCR) para los genes blaCTX-M, blaSHV y blaTEM, PFGE y MLST se llevaron a cabo en aislamientos representativos. Resultados: se recuperaron 27 aislamientos de 18 pacientes (75%). La producción de ESBL se detectó en 85% de los aislamientos. La resistencia a ciprofloxacino, sulfametoxazol/trimetoprima y a la mayoría de los ß-lactámicos evaluados fue recurrente, excepto a los carbapenémicos. Los genes blaSHV, blaTEM y blaCTX-M se encontraron en alta frecuencia, y se identificaron los grupos CTX-M-(1, 2 y 9). Se describieron siete sequence types (ST11, ST14, ST17, ST395, ST709, ST855 y ST3827), la mayoría consideradas de alto riesgo. Conclusión: estos hallazgos enfatizan la amenaza potencial de los clones de alto riesgo bien establecidos en una UCI, y resaltan la importancia de monitorear estos clones para prevenir infecciones.(AU)

High levels of antimicrobial resistance in Escherichia coli and Salmonella from poultry in Ecuador / Niveles elevados de resistencia antimicrobiana de las bacterias Escherichia coli y Salmonella en aves de corral en Ecuador / Altos níveis de resistência aos antimicrobianos em Escherichia coli e Salmonella de aves de criação no Equador

ABSTRACT Objective. To describe antimicrobial resistance profiles of Escherichia coli and Salmonella spp. isolated from chicken carcasses and the antimicrobials commonly used in animals in Ecuador and provide information on antimicrobial resistance patterns for implementing evidence-based corrective measures. Methods. Meat samples were collected from chicken carcasses in 199 slaughterhouses across Ecuador as part of a national pilot study for monitoring antimicrobial resistance in agricultural sources in 2019. Samples were tested for E. coli and Salmonella spp. Sensitivity to 10 critically important and three highly important antimicrobials (from a human health perspective) was assessed. The country report submitted to the World Organization for Animal Health was accessed to extract the quantity of antimicrobials produced or imported for use in animals. Results. Of 383 samples, E. coli was isolated from 148 (39%) and Salmonella spp. from 20 (5%) samples. Ninety percent of the isolates were resistant to at least one critically important antimicrobial. Resistance was highest to erythromycin (E. coli 76%; Salmonella spp. 85%) and tetracycline (E. coli 71%; Salmonella spp. 90%). Critically or highly important antimicrobials (colistin, tetracycline, trimethoprim/sulfamethoxazole) formed the bulk (87%) of antimicrobials used in animals as per the World Organization for Animal Health report. Conclusions. High prevalence of antimicrobial resistance in poultry in Ecuador calls for the development of guidelines and regulations on the use of antimicrobials and for engagement with livestock producers. The existing surveillance system needs to be strengthened to improve the monitoring of antimicrobial use and evolving resistance patterns.

RESUMEN Objetivo. Describir los perfiles de resistencia antimicrobiana de las bacterias Escherichia coli y Salmonella spp. aisladas en carne de pollo y los antimicrobianos comúnmente empleados en animales en Ecuador, así como proporcionar información sobre los patrones de resistencia a los antimicrobianos para poner en marcha medidas correctivas basadas en la evidencia. Métodos. Se recogieron muestras de carne de pollo en 199 mataderos de todo Ecuador en el marco de un estudio piloto nacional para monitorear la resistencia a los antimicrobianos en fuentes agrícolas en el 2019. Se analizaron las muestras en busca de E. coli y Salmonella spp. Se evaluó la sensibilidad a diez antimicrobianos de importancia crítica y tres muy importantes (para la salud humana). Se accedió al informe de país presentado ante la Organización Mundial de Sanidad Animal para obtener la cantidad de antimicrobianos producidos o importados para su uso en animales. Resultados. De 383 muestras, se aisló E. coli en 148 (39%) y Salmonella spp. en 20 (5%). En total, 90% de las cepas aisladas fueron resistentes a al menos un antimicrobiano de importancia crítica. Hubo una mayor resistencia a la eritromicina (E. coli: 76%; Salmonella spp.: 85%) y a la tetraciclina (E. coli: 71%; Salmonella spp.: 90%). Los antimicrobianos de importancia crítica o muy importantes (colistina, tetraciclina, trimetoprima/sulfametoxazol) constituyeron la mayor parte (87%) de los antimicrobianos empleados en animales según el informe de la Organización Mundial de Sanidad Animal. Conclusiones. Debido a la alta prevalencia de la resistencia a los antimicrobianos en las aves de corral en Ecuador, son imprescindibles la elaboración de directrices y regulaciones sobre el uso de antimicrobianos y el compromiso con los productores pecuarios. Es necesario fortalecer el sistema de vigilancia existente para mejorar el seguimiento del uso de antimicrobianos y de la evolución de los patrones de resistencia.

RESUMO Objetivo. Descrever perfis de resistência aos antimicrobianos em Escherichia coli e Salmonella spp. isoladas de carcaças de frango e os antimicrobianos comumente usados em animais no Equador e fornecer informações sobre padrões de resistência aos antimicrobianos para implementar medidas corretivas baseadas em evidências. Métodos. Foram coletadas amostras de carne de carcaças de frango em 199 abatedouros em todo o Equador como parte de um estudo piloto nacional para monitorar a resistência aos antimicrobianos de origem agrícola em 2019. Foram testadas amostras de E. coli e Salmonella spp. Foi avaliada a sensibilidade a 10 agentes antimicrobianos de importância crítica e três agentes antimicrobianos muito importantes (do ponto de vista da saúde humana). O relatório do país apresentado à Organização Mundial de Saúde Animal foi acessado para extrair a quantidade de antimicrobianos produzidos ou importados para uso em animais. Resultados. De 383 amostras, E. coli foi isolada em 148 (39%) e Salmonella spp. em 20 (5%). Noventa por cento dos isolados foram resistentes a pelo menos um antimicrobiano de importância crítica. A resistência foi maior à eritromicina (E. coli, 76%; Salmonella spp., 85%) e à tetraciclina (E. coli, 71%; Salmonella spp., 90%). Antimicrobianos de importância crítica ou muito importantes (colistina, tetraciclina, trimetoprim/sulfametoxazol) responderam pela maior parte (87%) dos antimicrobianos utilizados em animais, conforme o relatório da Organização Mundial de Saúde Animal. Conclusões. A alta prevalência de resistência aos antimicrobianos na avicultura no Equador exige o desenvolvimento de diretrizes e regulamentos sobre o uso de antimicrobianos e o envolvimento com os produtores de gado e avícolas. O sistema de vigilância existente precisa ser reforçado para melhorar o monitoramento do uso de antimicrobianos e a evolução dos padrões de resistência.

Antibióticos en desarrollo para bacilos gram negativos multirresistentes / Antibiotics in development for multiresistant gram-negative bacilli

El rápido incremento en las resistencias a los antibióticos entre los bacilos gram negativos (BGN), especialmente en cepas de enterobacterias, P. aeruginosa y A. baumannii, con elevados patrones de resistencia, plantea una enorme amenaza para los sistemas de salud en todo el mundo. En la última década diferentes antibióticos han sido desarrollados contra patrones de resistencia, algunos de los cuales combinan un β-lactámico junto con un inhibidor de β-lactamasa, mientras que otros utilizan inhibidores no β-lactámicos. La mayoría de ellos presenta una adecuada actividad in vitro sobre varias β-lactamasas de clase A, C y D de Ambler. Sin embargo, combinaciones como ceftazidime/avibactam, ceftolozano/tazobactam y meropenem/vaborbactam no presentan actividad contra metalo-β-lactamasas. Nuevas combinaciones como aztreonan/AVI, cefepime/zidebactam, o modernas cefalosporinas como cefiderocol, presentan eficacia contra casi la totalidad de las metalo-β-lactamasas. Aunque algunas de estas combinaciones ya están aprobadas y en fase de comercialización, muchas de ellas aún deben definir su lugar dentro del tratamiento de microorganismos con resistencia elevada a través de estudios clínicos (AU)

The rapid increase in antibiotic (ATB) resistance among Gram-negative bacilli(BGN), especially in strains of Enterobacteriaceae, Pseudomonas aeruginosa, and Acinetobacter baumannii, with high resistance patterns (XDR), poses a huge threat to health systems worldwide. In the last decade, different ATBs have been developed against XDR, some of which combine a lactam β along with a β-lactamase inhibitor, while others use non-β-lactam inhibitors. Most of them have adequate “in vitro” activity on several β-lactamases of class A, C and D of Ambler. However, combinations such as Ceftazidime/avibactam, Ceftolozane/Tazobactam and Meropenem/vaborbactam have no activity against metallo-β-lactamases(MβL). New combinations such as Aztreonan/AVI, Cefepime/Zidebactam, or new cephalosporins such as Cefiderocol, have efficacy against MβL enzymes. Although some of these combinations are already approved and in the commercialization phase, many of them have yet to define their place within the treatment of microorganisms with high resistance through clinical studies (AU)

Antibiotics in development for multiresistant gram-negative bacilli.

The rapid increase in antibiotic(ATB) resistance among Gram-negative bacilli(BGN), especially in strains of Enterobacteriaceae, Pseudomonas aeruginosa, and Acinetobacter baumannii, with high resistance patterns (XDR), poses a huge threat to health systems worldwide. In the last decade, different ATBs have been developed against XDR, some of which combine a lactam ß along with a ß-lactamase inhibitor, while others use non-ß-lactam inhibitors. Most of them have adequate "in vitro" activity on several ß-lactamases of class A, C and D of Ambler. However, combinations such as Ceftazidime/avibactam, Ceftolozane/Tazobactam and Meropenem/vaborbactam have no activity against metallo-ß-lactamases(MßL). New combinations such as Aztreonan/AVI, Cefepime/Zidebactam, or new cephalosporins such as Cefiderocol, have efficacy against MßL enzymes. Although some of these combinations are already approved and in the commercialization phase, many of them have yet to define their place within the treatment of microorganisms with high resistance through clinical studies.

Identificación de enterobacterias multirresistentes a antibióticos en muestras de heces de lactantes residentes en Talara, Piura, Perú / Identification of multidrug-resistant enterobacteriaceae in fecal samples from infants residing in Talara, Piura, Peru Arturo

La colonización fecal en lactantes por bacterias resistentes a los antimicrobianos es un potencial riesgo para futuras terapias antibióticas. Nuestro objetivo fue determinar la frecuencia y características sociodemográficas de lactantes portadores fecales de enterobacterias resistentes a ciprofloxacina (PFRC) y sus genes de resistencia asociados. Analizamos muestras fecales de 41 niños lactantes residentes en el distrito de Talara-Piura, Perú, en 2019. Evaluamos la presencia de 3 genes de resistencia a quinolonas: aac(6')-Ib-cr, qnrB y oqxA y 2 de betalactamasas: bla CTX-M, bla PER-2.El 68% de lactantes fueron PFRC, Escherichia coli (83,3%) fue el más frecuente. El análisis genotípico detectó: oqxA (41,1%), qnrB (26,7%) y aac(6')-Ib-cr (20%) y al gen bla CTX-M en el 93,3% de los aislados con betalactamasas. La elevada frecuencia de PFRC nos alertan sobre el potencial riesgo en la pérdida de utilidad de esta familia antibiótica en el área de estudio.

Fecal colonization by antimicrobial-resistant bacteria in infants is a potential risk for future antibiotic therapy. We aimed to determine the sociodemographic characteristics and frequency of infants who were fecal carriers of ciprofloxacin-resistant enterobacteriaceae (FCCRE) and their associated resistance genes. We analyzed fecal samples from 41 infants from the district of Talara, Piura, Peru in 2019. The presence of 3 quinolone resistance genes was evaluated: aac(6')-Ib-cr, qnrB and oqxA as well as of 2 beta-lactamase genes: bla CTX-M,bla PER-2. We found that 68% of infants were FCCRE, Escherichia coli (83.3%) was the most frequent bacteria. The genotypic analysis detected: oqxA (41.1%), qnrB (26.7%), aac(6')-Ib-cr (20%) and the bla CTX-M gene (93.3%) of the isolates with beta-lactamases. The high frequency of FCCRE alerts us of the potential risk of this antibiotic family becoming less useful over time.

El problema de la multi-resistencia en bacilos gram-negativos en las unidades de cuidados intensivos: estrategias de tratamiento y prevención / The problem of multi-resistance in gram-negative bacilli in intensive care units: Treatment and prevention strategies

El aumento global de infecciones causadas por bacilos gram-negativos multi-resistentes (BGN-MR), lo cual incluye a los carbapenemes, supone uno de los grandes retos actuales en materia de sanidad. Esto incluye Enterobacterales productores de β-lactamasas de espectro extendido, productoras de AmpC desreprimida o Enterobacterales productores de carbapenemasas, así como BGN-MR no fermentadores como Pseudomonas aeruginosa o Acinetobacter baumannii. En Pseudomonas aeruginosa predominan otros mecanismos de resistencias diferentes a las β-lactamasas tales como bombas de expulsión o pérdida de porinas. A. baumannii presenta con frecuencia varios de estos mecanismos de resistencia. La mortalidad es elevada especialmente si el tratamiento empírico es inadecuado. En este capítulo se revisan las estrategias de tratamiento haciendo hincapié en las herramientas para identificar los pacientes en los que estaría justificado tratamiento antibiótico empírico para cubrir BGN-MR, la importancia de la optimización de la administración de estos antibióticos, así como las estrategias de prevención para evitar su diseminación desde pacientes colonizados o infectados por un BGN-MR (AU)

The rise of infections caused by multi-resistant gram-negative bacilli (MR-GNB), which includes carbapenems, represents one of the major current challenges worldwide. These MR-GNB include extended spectrum β-lactamase-producing Enterobacterales, derepressed AmpC-producing or carbapenemase-producing Enterobacterales as well as non-fermenting Gram-negative bacilli such as Pseudomonas aeruginosa or Acinetobacter baumannii. P. aeruginosa predominantly exhibits other resistance mechanisms different to β-lactamases such as expulsion pumps or loss of porins. A. baumannii frequently presents several of these resistance mechanisms. Mortality is high especially if empirical treatment is inadequate. In this review, treatment strategies are revised, describing the tools available to identify patients in whom empirical antibiotic treatment would be justified to cover MR-GNB, the importance of optimizing the administration of these antibiotics, as well as prevention strategies to avoid its spread from patients colonized or infected by a MR-GNB (AU)

Evaluation of a lateral flow immunoassay to detectCTX-M extended-spectrum B-lactamases (ESBL)directly from positive blood cultures for its potentialuse in Antimicrobial Stewardship programs / Evaluación de una inmunocromatografía paradetectar beta-lactamasas de espectro extendidoCTX-M directamente de hemocultivos positivospara su potencial uso en programas deoptimización de antibioterapia

Background. Bloodstream infections (BSI) caused by extended-spectrum beta-lactamases Enterobacteriaceae (ESBL-E) are associated with high rates of treatment failure andincreased mortality, especially when appropriate antimicrobialtherapy is delayed. Our aim was to evaluate the anticipationof ESBLs detection and the potential improvement of the timeresponse of the Vitek 2 System (BioMérieux; France).Methods. We compared this lateral flow immunoassaywhen used directly on fluid from positive blood cultures to theVITEK2 AST system. We evaluated 80 isolates, 61 tested directlyon fluid from positive blood cultures and 19 tested on fluidfrom blood cultures spiked with known ESBL positive and negative organisms.Results. The concordance between the CTX-LFIA and thereference method (Vitek 2) had a Cohen´s Kappa coefficient of0.97, indicating a particularly good correlation between bothcompared methods.Conclusion. This lateral flow immunoassay can be morerapid than the Vitek 2 for earlier presumptive identification ofCTX- M ESBLs and can be useful to anticipate results and theadjustment of antimicrobial therapy. (AU)

Antecedentes. Las bacteriemias causadas por Enterobacteriaceae productoras beta-lactamasas de espectro extendido(BLEE) están asociadas con altas tasas de fallo de tratamientoy mortalidad, especialmente cuando se retrasa el tratamientoapropiado. Nuestro objetivo ha sido evaluar la anticipación dela detección de estas BLEE y la potencial mejora en el tiempode respuesta respecto al VITEK2 System (Biomerieux; Francia).Métodos. Se comparó una inmunocromatografía para sudetección con el VITEK2 AST system directamente del hemocultivo. Se evaluaton 80 aislados, 61 evaluados directamentede hemocultivos positivos y 19 de la misma manera pero inoculados con microorganismos productores y no productores deBLEE.Resultados. La concordancia entre la inmunocromatografía y el VITEK2 AST mostró un coeficiente Kappa de 0,97,indicando una buena correlación entre ambas técnicas.Conclusión. Esta inmunocromatografía puede ser másrápida que el VITEK2 para una identificación de BLEE tipo CTXM y puede ser útil para anticipar resultados y ajustar la terapiaantimicrobiana. (AU)

The problem of multi-resistance in gram-negative bacilli in intensive care units: Treatment and prevention strategies.

The rise of infections caused by multi-resistant gram-negative bacilli (MR-GNB), which includes carbapenems, represents one of the major current challenges worldwide. These MR-GNB include extended spectrum ß-lactamase-producing Enterobacterales, derepressed AmpC-producing or carbapenemase-producing Enterobacterales as well as non-fermenting Gram-negative bacilli such as Pseudomonas aeruginosa or Acinetobacter baumannii. P. aeruginosa predominantly exhibits other resistance mechanisms different to ß-lactamases such as expulsion pumps or loss of porins. A. baumannii frequently presents several of these resistance mechanisms. Mortality is high especially if empirical treatment is inadequate. In this review, treatment strategies are revised, describing the tools available to identify patients in whom empirical antibiotic treatment would be justified to cover MR-GNB, the importance of optimizing the administration of these antibiotics, as well as prevention strategies to avoid its spread from patients colonized or infected by a MR-GNB.

Factores asociados a la colonización rectal por Enterobacteriaceae productoras de betalactamasas de espectro extendido en pacientes de consulta externa de un hospital al norte del Perú / Factors associated with rectal colonization by extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae in outpatients in a hospital in northern Peru

Introducción: Las Enterobacteriaceae productoras de betalactamasas de espectro extendido están presentes en las heces de los individuos de la comunidad. En Perú, la automedicación, el tipo de alimentación, condiciones sanitarias podrían asociarse a esta colonización. Objetivo: determinar la frecuencia de colonización rectal por EP-BLEE en pacientes de consulta externa del Hospital Regional Lambayeque, así como los factores asociados a la misma, durante los meses de julio 2018 a febrero 2019. Material y métodos: 331 pacientes participantes fueron entrevistados, de los cuales se obtuvieron tres muestras seriadas de heces recién emitidas. Las muestras fueron cultivadas en agar McConkey. Las EP-BLEE se confirmaron con la prueba de disco combinado (método americano). Resultados: el 85,8 % de los pacientes estuvieron colonizados por EP-BLEE, siendo Escherichia coli el aislamiento más frecuente (87,7 %). El análisis bivariado asoció el consumo de carne de cerdo (RP=1,15 IC 95%: 1,07 - 1,24), caprino (RP=1,18, IC 95%: 1,10 - 1,25) y el consumo de ensaladas frecuentemente (RP=1,15, IC 95 %: 1,05 - 1,28) con una mayor probabilidad de ser portador rectal de EP-BLEE. La automedicación presentó valores cercanos al límite de validez (p=0,051, RP 1,12, IC 95% 0,98 - 1,26). Conclusiones: Consumir carne de cerdo, caprino y ensaladas aumentan la probabilidad de ser portador de EP-BLEE, mientras que la automedicación podría estar asociada, por lo que es necesario seguir investigando, ya que se desconocen las razones de este hallazgo en pacientes de la comunidad.

Background:Extended-spectrumbeta-lactamase-producing Enterobacteriaceae(EP-BLEE) are present in the feces of individuals in the community. In Peru, self-medication, type of diet and sanitary conditions could be associated with this colonization. Objective:to determine the frequency of rectal colonization by EP-BLEE in outpatients of the "Hospital Regional Lambayeque", as well as the factors associated with it, during the months of July 2018 to February 2019. 331 participating patients Material and methods:were interviewed, and three serial samples of freshly emitted stool were obtained from them. The samples were cultured on McConkey agar. EP-BLEE were confirmed with the combined disc test (American method). 85.8% of patients were colonized by EP-BLEE, and Escherichia coliwas the most frequent isolate (87.7%). Bivariate Results:analysis associated the consumption of pork (RP=1.15, 95% CI: 1.07 - 1.24), goat (RP=1.18, 95% CI: 1.10 - 1.25) and frequent consumption of salads (RP=1.15, 95% CI: 1.05 - 1.28) with a higher probability of being a rectal carrier of EP-BLEE. Self-medication presented values close to the limit of validity (p=0.051, RP1.12, 95% CI 0.98 - 1.26). Consuming pork, goat meat and salads increase the probability Conclusions:of being a carrier of EP-BLEE, while self-medication could be associated, so further research is needed, since the reasons for this finding are unknown.

Staphylococcus aureus resistentes a meticilina en alimentos

Resumen Staphylococcus aureus es un microorganismo de importancia tanto a nivel hospitalario como en la comunidad; considerado parte de la microbiota normal en los humanos cuando existe condiciones apropiadas se comporta como oportunista, provoca infecciones leves hasta complicadas. Existen cepas de S. aureus multirresistentes a los antibióticos, debido a la adquisición por vía horizontal de genes de resistencia; entre ellas Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (SARM), agentes etiológicos de infecciones graves relacionados directamente al consumo de alimentos contaminados. Objetivo. Analizar los posibles riesgos a los que se expone el ser humano al consumir alimentos contaminados por SARM, además de identificar los alimentos con mayor riesgo de contaminación y los factores que llevan a esta condición. Metodología. Mediante una revisión sistemática de estudios que indican la presencia de SARM en alimentos reportados en América latina. Las bases de datos consultadas: PubMed, SCOPUS, SCIELO y ProQuest mediante la declaración PRISMA. Se detectaron 30 estudios siendo elegibles 12. Resultados. En América Latina se observó en Brasil mayor evidencia de SARM, luego Colombia y Chile; en los estudios encontrados indican que los alimentos con frecuencia mayor de contaminación de alimentos son los lácteos y sus derivados; productos cárnicos. Conclusiones. Se evidencia la estrecha relación entre el agente causal de contaminación que es SARM en alimentos a nivel de América Latina. El producto que más impacto ha presentado es la leche y sus derivados, los cuales al ser productos muy consumibles la salud de la población está en riesgo por la acción de enterotoxinas.

Abstract Staphylococcus aureus is an important microorganism both at hospital and community level; considered part of the normal microbiota in humans when appropriate conditions exist, it behaves as an opportunist, causing mild to complicated infections. There are strains of S. aureus multiresistant to antibiotics, due to the horizontal acquisition of resistance genes, including methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), etiological agents of serious infections directly related to the consumption of contaminated food. Objective. To analyze the possible risks to which humans are exposed when consuming food contaminated by MRSA, in addition to identifying the foods with the highest risk of contamination and the factors that lead to this condition. Methodology. Through a systematic review of studies indicating the presence of MRSA in food reported in Latin America. Databases consulted: PubMed, SCOPUS, SCIELO and ProQuest through the PRISMA statement. Thirty studies were detected and 12 were eligible. Results. In Latin America, the greatest evidence of MRSA was observed in Brazil, followed by Colombia and Chile; the studies found indicate that the foods with the highest frequency of food contamination are dairy products and their derivatives; meat products. Conclusions. There is evidence of a close relationship between the causal agent of MRSA contamination in food in Latin America. The product that has had the greatest impact is milk and its derivatives, which, being highly consumable products, put the health of the population at risk due to the action of enterotoxins.

Resumo Staphylococcus aureus é um microorganismo importante tanto a nível hospitalar como comunitário; considerado parte da microbiota normal em humanos quando existem condições apropriadas, comporta-se como oportunista, causando infecções leves a complicadas. Existem estirpes de S. aureus multiresistentes aos antibióticos, devido à aquisição horizontal de genes de resistência, incluindo Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA), agentes etiológicos de infecções graves directamente relacionadas com o consumo de alimentos contaminados. Objectivo. Analisar os possíveis riscos a que os seres humanos estão expostos ao consumir alimentos contaminados por MRSA, para além de identificar os alimentos com maior risco de contaminação e os factores que levam a esta condição. Metodologia. Através de uma revisão sistemática de estudos que indicam a presença de MRSA nos alimentos reportados na América Latina. Bases de dados consultadas: PubMed, SCOPUS, SCIELO e ProQuest, utilizando a declaração PRISMA. Foram detectados trinta estudos, 12 dos quais eram elegíveis. Resultados. Na América Latina, a maior evidência de MRSA foi observada no Brasil, seguido pela Colômbia e Chile; os estudos encontrados indicam que os alimentos com maior frequência de contaminação de alimentos são produtos lácteos e seus derivados; produtos de carne. Conclusões. Há provas de uma relação estreita entre o agente causal da contaminação por MRSA nos alimentos na América Latina. O produto que tem tido maior impacto é o leite e seus derivados, que como são produtos altamente consumíveis, a saúde da população está em risco devido à acção das enterotoxinas.

Resistencia a antibióticos de relevancia clínica en un hospital de Corrientes / Resistance to antibiotics of clinical relevance in a hospital of Corrientes city

Resumen Las bacterias productoras de carbapenemasas están involucradas en infecciones y colonizaciones y se asocian a elevada morbimortalidad. Su identificación facilita el diseño y la implementación de intervenciones dirigidas a reducir el riesgo de infecciones y óbitos. El objetivo de este estudio fue determinar la prevalencia de microorganismos productores de carbapenemasas en el principal hospital público de la ciudad de Corrientes, Argentina, y determinar sus perfiles de susceptibilidad a antibióticos comúnmente usados en la práctica clínica. Fueron incluidos 674 muestras clínicas provenientes del mismo número de adultos de las diferentes unidades de internación del Hospital Escuela Gral. José Francisco de San Martín durante el período septiembre-diciembre 2018. La identificación de las bacterias se realizó mediante pruebas bioquímicas manua les y la susceptibilidad a los antimicrobianos se evaluó según las recomendaciones del Clinical and Laboratory Standars Institute. Fueron identificadas 115 bacterias productoras de carbapenemasas de tipo KPC (90, 78%), OXA-ACI (24, 21%) y OXA-163 (~1%). De los 56 (49%) microorganismos involucrados en infecciones, la mayoría de las del tipo KPC (n=32; 57%) mostró sensibilidad solo a amikacina (27/32; 84%), mientras que la mayoría de las del tipo OXA-ACI (n=24; 43%) solo frente a minociclina (17/24; 71%) y colistina (19/24; 79%). En todas las unidades de hospitalización investigadas se comprobó la presencia de microorganismos productores de carbapenemasas y alta frecuencia de resistencia a antimicrobianos de uso habitual en la práctica clínica. Esta información es relevante para adecuar los esquemas terapéuticos y las medidas higiénico-sanitarias a la realidad local.

Abstract Carbapenemase-producing bacteria are involved in infections and colonizations and associated with high morbidity and mortality. Their identification facilitates the design and implementation of interventions aimed at reducing the risk of infections and deaths. The objective of this study was to determine the prevalence of carbapenemase-producing microorganisms in the main public hospital in the city of Corrientes, Argentina, and to determine their susceptibil ity to antibiotics commonly used in clinical practice. We analyzed 674 clinical samples from the same number of adults admitted to different inpatient units of the Hospital Escuela Gral. José Francisco de San Martín during the period September-December 2018. The bacterial identification was carried out through manual biochemical tests and the susceptibility to antimicrobials was evaluated according to the recommendations of the Clinical and Laboratory Standards Institute. We identified 115 carbapenemase-producing bacteria of the following types: KPC (90, 78%), OXA-ACI (24, 21%) and OXA-163 (~1%). Among the microorganisms involved in infections (n = 56; 49%), most of those of the KPC type (n = 32; 57%) showed sensitivity only against amikacin (27/32; 84%), while most of those of the OXA-ACI type ( 24; 43%) showed significant sensitivity only against minocycline (17/24; 71%) and colistin (n = 19/24; 79%). This study demonstrated the presence of carbapenemase-producing microorgan isms in all the investigated hospital units and a high frequency of resistance to antimicrobials commonly used in clinical practice. This information is relevant to adapt the therapeutic schemes and hygienic-sanitary measures to the local reality.

Reconstrucción ancestral de una beta-lactamasa y comparativa con sus homólogos actuales / Ancestral reconstruction of a beta-lactamase and comparison with its extant proteins

Las β-lactamasas son proteínas de origen bacteriano que se caracterizan por hidrolizar los antibióticos β-lactámicos, confiriendo resistencia microbiana ante estos. Son una familia heterogénea de proteínas muy relevantes desde el punto de vista sanitario debido a la facilidad que presentan para adquirir resistencia a nuevos fármacos por su alta capacidad de evolución. La evolución in vitro de estas proteínas ha servido, no solo para desarrollar su caracterización y mejorar su conocimiento, sino como una nueva línea de investigación que permite identificar de manera predictiva residuos implicados en la adquisición de resistencia frente antibióticos. Al mismo tiempo, el método de reconstrucción ancestral de proteínas se ha revelado como una herramienta novedosa y útil para comprender la evolución de las β- lactamasas y entender algunas de sus características como es su promiscuidad. En este trabajo, se ha realizado un estudio de β-lactamasas ancestrales reconstruidas a partir de la filogenia de β-lactamasas existentes de clase A. De las cuatro proteínas ancestrales estudiadas, se ha obtenido una que es funcional y se ha comparado su actividad hidrolítica con la de cuatro de sus homólogos actuales frente a ocho fármacos β-lactámicos. Se ha comprobado que esta proteína ancestral tiene una actividad frente a antibióticos más generalista que cualquier de las proteínas actuales estudiadas. Además, la proteína ancestral activa mostró más resistencia frente a uno de los fármacos utilizados que el resto de β-lactamasas existentes. Finalmente se han discutido estos resultados y a partir de ellos se argumenta por qué las secuencias ancestrales reconstruidas pueden ser un punto de partida muy atractivo a la hora de realizar evolución dirigida de proteínas para la obtención de proteínas de interés biotecnológico.(AU)

The β-lactamases are proteins of bacterial origin that are characterized by hydrolyzing antibiotics β-lactams, conferring microbial resistance against them. They are a heterogeneous family of proteins very relevant from a health point of view due to the ease they present to acquire resistance to new drugs due to their high capacity for evolution. The in vitro evolution of these proteins has served not only to develop their characterization and improve their knowledge, but as a new line of research that allows to predictively identify residues involved in the acquisition of antibiotic resistance. At the same time, the method of ancestral protein reconstruction has been revealed as a novel and useful tool to understand the evolution of β-lactamases and understand some of their characteristics such as their promiscuity. In this work, a study of ancestral β-lactamases reconstructed from the phylogeny of existing class A β-lactamases has been carried out. Of the four ancestral proteins studied, one has been obtained that is functional and has compared its hydrolytic activity with that of four of its current counterparts against eight β-lactam drugs. This ancestral protein has been shown to have a more generalistic antibiotic activity than any of the current proteins studied. In addition, the active ancestral protein showed more resistance to one of the drugs used than the rest of β-lactamases existing. Finally these results have been discussed and from them it is argued why reconstructed ancestral sequences can be a very attractive starting point when it comes to direct evolution of proteins for obtaining proteins of biotechnological interest.(AU)

Perfil de resistencia genotípica y fenotípica presente en bacterias aisladas a partir de fómites en Armenia, Quindío-Colombia período junio-julio 2019 / Genotypic and phenotypic resistance profile present in bacteria isolated from fomites in Armenia, Quindío-Colombia period June-July 2019

Resumen Introducción: La antibiótico-resistencia es un fenómeno por el cual las bacterias logran sobrevivir al tratamiento con antimicrobianos; con incidencia en ambientes intra y extrahospitalarios como: fuentes hídricas, sector agrario/ganadero y fómites. Objetivo: Describir bacterias presentes en fómites de alta circulación en una región centro-occidental de Colombia junto a su perfil de sensibilidad fenotípica y presencia de genes para betalactamasas tipo TEM-full, OXA-3 y SHV-full. Metodología: Se aislaron cepas bacterianas de billetes, pasamanos de escaleras eléctricas y botones de cajeros automáticos; se evaluó su perfil de sensibilidad fenotípica por medio de concentración mínima inhibitoria-técnica automatizada/Vitek2® y genes para betalactamasas tipo TEM-full, OXA-3 y SHV-full mediante PCR convencional. Resultados: Se obtuvo 30 aislados; Acinetobacter baumannii complex, fue la más común; el fómite con mayor aislados y resistencia fueron los billetes; el 53% portó al menos uno de los genes estudiados. Se identificaron bacterias gramnegativas con resistencia frente a: Imipinem, Piperacilina/Tazobactam, Colistina, Ceftazidima, Tigeciclina y Ceftriaxona; bacterias grampositivas con resistencia frente a: Quinupristina/Dalfopristina, Minociclina, Tetraciclina, Teicoplanina, Nitrofuratoina, Oxacilina, Clindamicina, Trimetropina-sulfametoxazol, y Minociclina. Conclusión: Teniendo en cuenta la circulación de cepas con estas resistencias, es importante la educación en la comunidad para evitar la adquisición o propagación de infecciones por manipulación inadecuada de fómites.

Abstract Introduction: Antibiotic-resistance is a phenomenon by which bacteria manage to survive antimicrobial treatment; with incidence in intra and extra hospital environments such as: water sources, agricultural / livestock sector and fomites. Aim: To describe bacteria present in high circulation fomites in a central-western region of Colombia, with their phenotypic sensitivity profile and presence of genes beta-lactamases (TEM, OXA3 and SHV). Methodology: We isolate bacterial strains from banknotes, escalator handrails and ATM buttons. We evaluated its phenotypic sensitivity profile by minimal inhibitory concentration automated technique using Vitek 2® and presence of genes for beta-lactamases type TEM-full, OXA-3 and SHV-full by conventional PCR. Results: A total of 30 isolates were obtained; Acinetobacter baumannii complex, was the most common; banknotes were the form with the highest number of isolates and resistance. Of the total isolates, 53% carried at least one of the genes studied. Phenotypically, gram-negative bacteria were identified with resistance against: Imipinem, Piperacillin / Tazobactam, Colistin, Ceftazidime, Tigecycline and Ceftriaxone; Gram-positive bacteria with resistance to: Quinupristin / Dalfopristin, Minocycline, Tetracycline, Teicoplanin, Nitrofuratoin, Oxacillin, Clindamycin, Trimethropine-sulfamethoxazole, and Minocycline. Conclusion: Taking into account the circulation of strains with these resistances, it is important to educate the community to avoid the acquisition or spread of infections due to the inappropriate handling of this type of inanimate elements.

Caracterización de Escherichia coli D7111 productora de ß-LACTAMASA TEM-176 / Characterization of Escherichia coli D7111 producing the ß-LACTAMASA TEM-176

RESUMEN El presente reporte es la descripción original de bla TEM-176. Se caracterizaron los mecanismos de resistencia a antimicrobianos de un aislamiento de Escherichia coli enterotoxigénica, determinándose la resistencia a 22 antimicrobianos categorizados en 15 grupos diferentes mediante difusión en agar, estableciéndose grupo filogenético, mecanismos de resistencia y presencia de integrones de Clase 1 y 2 mediante PCR. Integrones y genes de resistencia a β-lactámicos fueron secuenciados. El aislamiento del grupo filogenético A, mostró resistencia o sensibilidad disminuida a ampicilina, amoxicilina más ácido clavulánico, ácido nalidíxico, ciprofloxacino, estreptomicina, kanamicina, tetraciclina, trimetoprim, sulfisoxazol, cotrimoxazol, azitromicina y nitrofurantoina, detectándose la presencia de bla TEM, aadA1/2, aphA1, sul3, tet(A) y un integron de Clase 2 conteniendo un gen dfrA1. La resistencia a quinolonas se relacionó con la substitución Ser83Ala. La secuencia de TEM mostró la substitución Ala222Val, la cual a la fecha no había sido descrita, reportándose como una nueva β-lactamasa, con el nombre de bla TEM-176.

ABSTRACT The present report is the original description of bla TEM-176. The mechanisms of resistance to antimicrobial agents were determined in an enterotoxigenic Escherichia coli, determining the susceptibility to 22 antimicrobials classified in 15 different groups by agar diffusion and establishing the phylogenetic group, mechanisms of resistance and presence of Class 1 and 2 integrons. Integrons and β-lactam resistance genes were sequenced. The isolate, belonging to phylogenetic group A, showed the presence of resistance or diminished susceptibility to a ampicillin, amoxicillin plus clavulanic acid, nalidíxic acid, ciprofloxacin, streptomycin, kanamycin, tetracycline, trimethoprim, sulfisoxazole, cotrimoxazole, azithromycin and nitrofurantoin, carrying bla TEM, aadA1/2, aphA1, sul3, tet(A) and a Class 2 integron containing a dfrA1 gene. Quinolone resistance was related to the substitution Ser83Ala. The TEM sequencing showed the presence of the new substitution Ala222Val, which led to the description of the new β-lactamase bla TEM-176.

Caracterización de Escherichia coli D7111 productora de ß-LACTAMASA TEM-176 / Characterization of Escherichia coli D7111 producing the ß-LACTAMASE TEM-176

RESUMEN El presente reporte es la descripción original de bla TEM-176. Se caracterizaron los mecanismos de resistencia a antimicrobianos de un aislamiento de Escherichia coli enterotoxigénica, determinándose la resistencia a 22 antimicrobianos categorizados en 15 grupos diferentes mediante difusión en agar, estableciéndose grupo filogenético, mecanismos de resistencia y presencia de integrones de Clase 1 y 2 mediante PCR. Integrones y genes de resistencia a β-lactámicos fueron secuenciados. El aislamiento del grupo filogenético A, mostró resistencia o sensibilidad disminuida a ampicilina, amoxicilina más ácido clavulánico, ácido nalidíxico, ciprofloxacino, estreptomicina, kanamicina, tetraciclina, trimetoprim, sulfisoxazol, cotrimoxazol, azitromicina y nitrofurantoina, detectándose la presencia de bla TEM, aadA1/2, aphA1, sul3, tet(A) y un integron de Clase 2 conteniendo un gen dfrA1. La resistencia a quinolonas se relacionó con la substitución Ser83Ala. La secuencia de TEM mostró la substitución Ala222Val, la cual a la fecha no había sido descrita, reportándose como una nueva β-lactamasa, con el nombre de bla TEM-176.

ABSTRACT The present report is the original description of bla TEM-176. The mechanisms of resistance to antimicrobial agents were determined in an enterotoxigenic Escherichia coli, determining the susceptibility to 22 antimicrobials classified in 15 different groups by agar diffusion and establishing the phylogenetic group, mechanisms of resistance and presence of Class 1 and 2 integrons. Integrons and β-lactam resistance genes were sequenced. The isolate, belonging to phylogenetic group A, showed the presence of resistance or diminished susceptibility to a ampicillin, amoxicillin plus clavulanic acid, nalidíxic acid, ciprofloxacin, streptomycin, kanamycin, tetracycline, trimethoprim, sulfisoxazole, cotrimoxazole, azithromycin and nitrofurantoin, carrying bla TEM, aadA1/2, aphA1, sul3, tet(A) and a Class 2 integron containing a dfrA1 gene. Quinolone resistance was related to the substitution Ser83Ala. The TEM sequencing showed the presence of the new substitution Ala222Val, which led to the description of the new β-lactamase bla TEM-176.

Enterobacterales productores de betalactamasas de espectro extendido portadores del gen mcr-1 en Lima, Perú / Extended-spectrum beta-lactamase-producing enterobacterales carrying the mcr-1 gene in Lima, Peru

RESUMEN Se analizó la presencia del gen mcr-1 en 165 enterobacterales productores de betalactamasas de espectro extendido (EP-BLEE) recuperados en 2017 de sangre (40), orina (57), secreciones respiratorias bajas (12) e hisopados rectales (56) de pacientes hospitalizados en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (Perú). La identificación y la susceptibilidad antimicrobiana se determinaron por el sistema automatizado Phoenix M50; la resistencia a colistina por Colistin Agar-Spot (CAS); la detección de mrc-1 por el método fenotípico de predifusión de colistina e inhibición con EDTA (CPD-E) y por reacción en cadena de la polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés). De los 165 EP-BLEE 25 fueron positivos para mcr-1 por el método CPD-E y se confirmó por PCR. Por el método CAS, 20/165 fueron resistentes a colistina. Además, mostraron resistencia a las fluoroquinolonas y a la gentamicina, y permanecieron sensibles a la amikacina; dos aislamientos presentaron metalocarbapenemasas. La obtención de datos sobre la resistencia a antimicrobianos considerados de última línea (colistina) es crucial para establecer medidas para su control.

ABSTRACT We analyzed the presence of the mcr-1 gene in 165 extended-spectrum beta-lactamase-producing enterobacterales (ESBL-PE) obtained during 2017, from blood (40), urine (57), lower respiratory secretions (12) and rectal swabs (56) of patients hospitalized in the Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (Peru). Antimicrobial identification and susceptibility were determined by the Phoenix M50 automated system; colistin resistance by Colistin Agar-Spot (CAS); mrc-1 detection by colistin pre-diffusion and inhibition with EDTA test (CPD-E) and by polymerase chain reaction (PCR). We found that from the 165 ESBL-PE, 25 were positive for mcr-1 by the CPD-E method and confirmed by PCR. Colistin resistance was found in 20/165 by using the CAS method. Additionally, they showed resistance to fluoroquinolones and gentamicin, while remaining sensitive to amikacin; two isolates presented metallo-carbapenemases. Obtaining data on resistance to last-line antimicrobials (colistin) is crucial to establish measures for its control.

Utilidad de la citometría de flujo para la detección de Pseudomonas aeruginosa productoras de metalobetalactamasas / Utility of flow citometry for detecting metallo-beta-lactamase-producing Pseudomonas aeruginosa

RESUMEN Con el objetivo de determinar la utilidad de la citometría de flujo para la detección de Pseudomonas aeruginosa productoras de metalobetalactamasas (MBL), se estudiaron aislamientos de P. aeruginosa genotípicamente caracterizados del cepario del laboratorio de Epidemiología Molecular y Genética de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Se analizaron 29 aislamientos (17 productoras de MBL y 12 no productoras de MBL) con el kit de viabilidad celular FACSCalibur (Becton Dickinson). Se utilizaron dos tratamientos, uno con meropenem y el otro con meropenem-EDTA. Usando la razón de aumento de fluorescencia en las células no vivas, se demostró una diferencia significativa entre las productoras de MBL y las no MBL, considerando como punto de corte una razón >1,6. Se determinó una sensibilidad de 94,1% y una especificidad del 100%. La citometría de flujo constituye una alternativa para la detección de P. aeruginosa productora de MBL.

ABSTRACT In order to determine the utility of flow cytometry for detecting metallo-beta-lactamase (MBL)-producing Pseudomonas aeruginosa, we used genotypically characterized P. aeruginosa isolates from the Molecular Epidemiology and Genetics Laboratory of the Universidad Nacional Mayor de San Marcos. A total of 29 isolates (17 MBL-producing and 12 non-MBL-producing) were analyzed with the FACSCalibur (Becton Dickinson) cell viability kit. Two treatments were used, one with meropenem and the other with meropenem-EDTA. A significant difference between MBL and non-MBL-producing P. aeruginosa was demonstrated using the fluorescence ratio in non-living cells, considering a cut-off point of >1.6. We determined a sensitivity of 94.1% and a specificity of 100%. Flow cytometry represents an alternative for the detection of MBL-producing P. aeruginosa.

Epidemiología molecular de Klebsiella pneumoniae resistentes a los antibióticos betalactámicos aislados de centros asistenciales del estado Aragua-Venezuela / Molecular epidemiology of Klebsiella pneumoniae resistant to beta-lactams antibiotics isolated from health centers of Aragua State-Venezuela

La resistencia de K. pneumoniae a los antibióticos ß-lactámicos es un problema de salud pública. El objetivo fue caracterizar por epidemiología molecular aislados de K. pneumoniae resistentes a los antibióticos ß-lactámicos en cuatro Centros Asistenciales del Estado Aragua y establecer asociaciones entre los genotipos con la resistencia y las variables epidemiológicas. Se procesaron 72 cepas de K. pneumoniae y su resistencia a ß-lactámicos se realizó según las directrices del CLSI. Para la detección fenotípica de ß-lactamasa de Espectro Extendido (BLEE) se usó la sinergia de doble disco, mientras que para detectar metalobetalactamasa (MBLs), carbapemenasas (KPC) y AmpC inducible se utilizaron las combinaciones de discos de EDTA/imipenem/meropenem, ácido fenilborónico/meropenem/imipenem y piperacilina tazobactam/ceftazidima/Imipenem/cefoxitin respectivamente. La tipificación molecular se realizó por la reacción en cadena de la polimerasa de las secuencias repetitivas extragénicas palindrómicas. Solo 35 cepas (48,6%) fueron resistentes a todos los ß-lactámicos. El 34,29%; 31,43% y 31,43% resultaron ser productoras de BLEE, KPC y MBLs respectivamente, y 2,86% AmpC inducible. Se identificaron siete genotipos, donde el tipo B agrupó 23 cepas idénticas que se diseminan clonalmente. Se encontró una relación estadísticamente significativa entre el genotipo, la edad y el género. En conclusión, K. pneumoniae es altamente resistente a los antibióticos ß-lactámicos

K. pneumoniae resistance to ß-lactam antibiotics is a public health problem. The objective was to characterize by molecular epidemiology isolates of K. pneumoniae resistant to ß-lactams in four Health Centers of the Aragua State and establish the association between genotypes with resistance and epidemiological variables. 72 strains of K. pneumoniae were processed and their resistance to ß-lactams was performed according to the CLSI guidelines. Double disc synergy was used for phenotypic detection of Extended Spectrum ß-lactamase or ESBL. Combinations of EDTA/imipenem/meropenem; phenylboronic acid/meropenem/imipenem and piperacillin tazobactam/ ceftazidime/Imipenem/cefoxitin were used to detect metallo-beta-lactamase or MBLs, carbapenemases (KPC) and inducible AmpC respectively. Molecular typing was performed by polymerase chain reaction of palindromic extragenic repetitive sequences. Only 35 strains (48.6%) were resistant to all ß-lactams. 34.29%; 31.43% and 31.43% turned out to be ESBL, KPC and MBLs respectively, and 2.86% inducible AmpC. Seven genotypes were identified, where type B grouped 23 genetically identical strains and clonally spreaded. A statistically significant relationship was found between genotype, age and gender. In conclusion, K. pneumoniae is highly resistant to ß-lactams